Βρίσκεται στη θέση Κάστρο της Χώρας, λίγα μέτρα μακριά από την περίφημη Παραπορτιανή και στεγάζεται σε παλιό διώροφο καραβοκυραίικο σπίτι. Ιδρύθηκε το 1958 από το Βασίλη Κυριαζόπουλο, καθηγητή Μετεωρολογίας στο Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης. Περιλαμβάνει έξι κύριες αίθουσες που φιλοξενούν έργα της εγχωρίου λαϊκής τέχνης και αντικείμενα ξένα προς τον τόπο, αλλά εισαχθέντα από διάφορα λιμάνια της Μεσογείου, μέσω των καραβιών, κυρίως του 18ου και 19ου αιώνα. Υπάρχει επίσης ένα σημαντικό αρχείο χειρογράφων και εντύπων, φωτογραφιών, χαρτών καθώς και βιβλιοθήκη. Ανοιχτό από τον Απρίλιο μέχρι τον Οκτώβριο, 4:30 μ.μ. έως τις 8:30 μ.μ. εκτός Κυριακής. τηλ. 22890 22591 τηλ. υπεύθυνου 22890 22748.
Παραρτήματα του Μουσείου :
Το σπίτι της Λένας
Το "Σπίτι της Λένας", είναι παράρτημα του Λαογραφικού Μουσείου Μυκόνου, και πρόκειται για ένα αντιπροσωπευτικό μεσοαστικό ισόγειο σπίτι, με την τυπική για την εποχή διαίρεση και επίπλωση, του 19ου αιώνα . Εκεί μπορεί κανείς να δει τη συλλογή από ευρωπαϊκά και εγχώρια έπιπλα του 19ου αιώνα καθώς και χρηστικά και διακοσμητικά κεντήματα, καθρέπτες, γκραβούρες κ.τλ. Ονομάστηκε έτσι από την τελευταία του ιδιοκτήτρια, Λένα Σκριβάνου. Βρίσκεται στο κέντρο της χώρας, στα Τρία Πηγάδια, δίπλα από το Ναυτικό Μουσείο. τηλ. Υπευθύνου 22890 22390.
Το Αγροτομουσείο Μυκόνου - Ο Μύλος του Μπόνη
Το αγροτομουσείο Μυκόνου είναι ένα υπαίθριο μουσείο όπου ο επισκέπτης μπορεί να δει τις παραδοσιακές αγροτικές εγκαταστάσεις που χρησιμοποιούσαν στη Μύκονο για την παραγωγή και μεταποίηση των αγροτικών προϊόντων (αλώνι, φούρνος, πηγάδι, πατητήρι κ.λ.π.), με επίκεντρο τον παλιό Μύλο του Μπόνη σε κατάσταση πλήρους λειτουργίας και επισκέψιμο καθημερινά, 4.00 – 8.00 μ.μ. από τον Ιούλιο μέχρι τον Σεπτέμβριο. τηλ. Υπευθύνου 22890 26246.